瞳術是藉由眼睛使用的術，使用時施術者的眼睛會發生變化。目前出現的瞳術都是血繼限界。輪迴眼、寫輪眼、紅眼和白眼合稱為四大瞳術。
- 寫輪眼
參看 →宇智波一族
- 萬花筒寫輪眼
參看 →宇智波一族
- 白眼
參看 →日向一族
- 紅眼
參看 →黑鋤雷牙番外篇(能夠欺騙白眼的瞳術)
號稱『四大瞳術』之首，寫輪眼的最終進化版，據聞只有忍術創始人六道仙人才有的一種傳說中的眼睛。有此眼者會習得忍術的五大性質變化，擁有像神話一樣的能力，既能創造一切，亦能極盡破壞。可是現在『曉』的成員，即培因(長門)也擁有輪迴眼，可以像監控器一樣看到另一個擁有輪迴眼的人所見之情況。可使用六道之力和外道，若覺醒者使用則 可使用固有技能，例如：班的「輪墓」，佐助的「天手力」，但移植給他人則會失去固有技能，但被移植者可造六道培因，還可供 享視野。
- 須佐能乎
- 在萬花筒寫輪眼開眼後的隱藏瞳術，可將查克拉實體化為魁梧戰神，攻防一體，不同的萬花筒寫輪眼之須佐能乎也有所不同。
- 原型為伊邪那岐之子，「須佐之男命」。與大蛇丸之戰也象徵須佐之男命斬殺八岐大蛇的典故。
- 須佐能乎所用的神器
- 十拳劍
- 沒有實體的神劍，擁有與傳說中「草薙劍」一般強力，所有被刺中的東西均會被吸入「須佐」的葫蘆內，長年被封印於夢境之中。
- 原型自須佐之男命斬殺八岐大蛇的武器。
- 八咫鏡
- 沒有實體的神盾，能把所有攻擊反彈回去。
- 原型自天照大神的三神器。
- 八坂勾玉
- 勾玉狀的大火球
- 原型自天照大神的三神器。
- 伊邪那歧
- 段藏在與佐助打鬥時所使用結印順序為卯－亥－未，非常耗費查克拉使用一段時間必須先解除一陣子以恢復查克拉；可以將對於己方之傷害甚至是死亡化為夢境，將己方之攻擊等有利因素化為現實，是可以隨意穿梭在現實與夢境夾縫之極高等幻術；伊邪那歧的有效時間因人而異，就段藏而言，他自身一隻寫輪眼只能使用60秒，使用完後該眼將永遠無法再度睜開，據帶土所說段藏的右手是大蛇丸為了提高使用時間所做出的實驗品。
- 此術需要仙人之體的 仙體細胞+仙眼之力(千手一族+宇智波一族) 才能發揮此術
- 原型為日本神話創世之父，「伊邪那岐」。
- 伊邪那美
- 與伊邪那歧相對存在的幻術。會讓目標進入無限輪迴的幻術，直到對手接受自己的命運，也就是死亡（但不會真的死亡，而是解除幻術）。能夠不需經過五感使對方中術。被稱為用來救贖伊邪那歧的終極幻術，如果伊邪那歧是否定死亡的忍術，那伊邪那美就是要讓伊邪那歧的施術者接受死亡。
- 原型自日本八百萬眾神之母，伊邪那歧前妻，「伊邪那美」。術的原型是來自伊邪那美與伊邪那美的黃泉典故，伊邪那美其實就是象徵死亡，擁有死亡，人才會無限繁榮。
- 別天神
- 是宇智波止水萬花筒寫輪眼的最強幻術，可以讓被施術者不知不覺中被控制。，需間隔10年時間才能再次發動。
- 原型為日本的創世神，別天津神。
- 轉生眼
- 轉生眼一共分成兩種，一種是由白眼進化的眼睛，另一種則是由眾多白眼所組合而成的大球。